El nombre del ahora exentrenador del Club Bolívar de Bolivia, ya había sido vinculado anteriormente con los rojinegros. Según el periodista David Medrano, Beñat San José ya habría llegado a un acuerdo con el Atlas, pues el conjunto que dirigía en Bolivia ya hizo oficial su salida.
En su columna de opinión a través del medio Récord, Medrano informó que el equipo tapatío estrenará técnico en el mes de diciembre, con quien iniciará pretemporada a principios del mes. El español fue quien presentó su renuncia ante el Bolívar al tener ya pactado su fichaje con el Atlas.
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El entrenador español formó parte del cuerpo técnico del Mazatlán alrededor de un año. Dirigió a los cañoneros en el Torneo Apertura 2021 y el Clausura 2022. Por decisión propia, prefirió no renovar, y así llegó a Bolivia, para después regresar a México.
Su etapa más larga fue del 2012 al 2015, donde entrenó dos equipos de Arabia Saudita: Al-Ittihad, donde juegan N’Golo Kanté y Karim Benzema, y Al-Ettifaq, ahora dirigido por el británico Steven Gerrard. Otros países en donde ha sido el DT son: España, Chile, Bélgica y Emiratos Árabes Unidos. Pronto será anunciado oficialmente para comenzar su segunda etapa en nuestra liga nacional.